満天の夜空、月を見上げているサトシたち。
その時、背後からロケット団が忍び寄り、ピカチュウを さらっていってしまった！！
ロケット団を追いかけるサトシたちは、夜の森を抜け、 謎の古代遺跡「テンキュウギ」にたどり着く。
そこには、今まで見たこともないような、不思議な空間 が広がっていた。
暗闇の中に浮かぶ、３つの球体。
壁に描かれた、神秘的な壁画。
そして、暗闇の向こうから聞こえてくる、助けを求めるピカチュウの声・・・。
サトシたちは、このテンキュウギに隠された謎を解き明かし、 ピカチュウを取り戻すことができるのか？！