PRESETは工場校正基準、VARI.は任意校正基準です。

VARI.は、弊社の工場校正基準とは違った基準で校正を行いたい場合にお使いいただきます。
その際には、正確に管理された基準をお使いいただくと問題なくお使いいただけます。
応用例としては、取扱説明書のP.28に記載されているような、複数台のCS-100の指示差を合わせこむことにもご使用いただけます。

上記のような設定の必要がなければ、PRESETで測定していただく、というような使い分けになります。