スキャン時に周辺の振動の影響を受けている可能性があります。
周辺に工作機械やプレス機などの振動源があれば、離れたところでスキャン作業をしてください。また、OAフロアのように床下が浮き上がっているところでは人が歩いただけでも振動が伝わりますのでご注意ください。
振動の影響を低減させるには、ワークを床置きにし、デジタイザ本体の位置（高さ）を下げてスキャン作業をすることをお勧めいたします。